中国 拳交
（图文|辛西）近日，我校生物信息团队陈玲玲和杨庆勇课题组与广西大学配合在植物学著名期刊《Plant Biotechnology Journal》在线发表了题为《BnPIR: Brassica napus Pan-genome Information Resource for 1,689 accessions》的论文，构建了首个油菜泛基因组和相比基因组生物信息平台。
盘考团队精雅东谈主先容，参考基因组行为人命科学盘录取的“标准舆图”，极大促进了动植物进击坐蓐和经济性状沟通的变异位点顺心、要津基因的发掘与应用等盘考。可是生物体在永恒进化和东谈主工选拔的作用下，清除物种各个株系在遗传和表型等层面均蓄积了丰富的变异，单一参考基因组频频无法很好包含物种内丰富的遗传变异信息。换言之，关于绝大部分物种而言，当今咱们使用的“标准舆图”存在多数“暗区”与“盲区”，为进击性状沟通遗传位点和基因的挖掘与哄骗配置了诸多驾御。为克服这些贫寒，科学家提议通过整合多个代表性种质资源，构建泛基因组的盘考想路和战术。
据先容，甘蓝型油菜在7500年前由白菜和甘蓝当然杂交造成，黑白常“年青”的多倍体植物，物种内存在丰富的遗传变异，为系统揭示这些变异，2020年1月中国 拳交，华农油菜团队与生物信息团队配合，基于PacBio、HiC、BioNano等平台拼装的8个甘蓝型油菜种质基因组序列，通过相比基因组分析顺心了多数SNP（单碱基多态性）、PAV（存在/缺失变异）等变异，并构建了大小约为1.8Gb泛基因组，包含约15万个基因（https://www.nature.com/articles/s41477-019-0577-7）。为让油菜遗传育种盘考东谈主员能快捷、便捷检索和使用油菜泛基因组沟通资源，盘考东谈主员进一步勾搭了1,689份油菜基因组及重测序数据，构建了甘蓝型油菜泛基因组数据库BnPIR（）。
BnPIR是基于基因信息模块的抽象平台，以泛基因组浏览器和多基因组共线性为中枢，包含多组学数据和常见的生物信息学器用。BnPIR包含基因组序列、基因堤防、系统发育沟通、抒发数据、PAV 信息、基因分类，品种信息和常用多组学器用，并提供快速搜索和可视化集成。BnPIR提供油菜分子生物学和育种丰富资源，有助于油菜盘考东谈主员在泛基因组布景下搜索和可视化其成果，并为其他物种泛基因组分析提供有价值的模板和平台。
本盘考由华农和广西大学配合完成，广西大学预聘副阐发宋佳明和华农博士生刘东旭为论文共同第一作家，陈玲玲阐发和杨庆勇副阐发为共同通信作家，该盘考获国度当然科学基金和省当然科学基金鼎新群体等形态资助。
论文相连：https://doi.org/10.1111/pbi.13491
数据库相连：
参考文件：
Song JM, Guan Z, Hu J, Guo C, Yang Z中国 拳交, Wang S, Liu D, Wang B, Lu S, Zhou R, Xie WZ, Cheng Y, Zhang Y, Liu K, Yang QY, Chen LL, Guo L. Eight high-quality genomes reveal pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus. Nat Plants. 2020, 6(1):34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7.
Song JM, Liu DX, Xie WZ, Yang Z, Guo L, Liu K, Yang QY, Chen LL. BnPIR: Brassica napus Pan-genome Information Resource for 1,689 accessions. Plant Biotechnol. J. 2020, doi: 10.1111/pbi.13491
